Ljósþynnu smásjárskoðun notar þunna, flata lýsingu til að örva flúorflóra innan brenniflatarins, sem gerir kleift að fá hraða og rúmmálsmyndgreiningu með litlum ljósskaða. Kostir hennar eru meðal annars langtímamyndgreining í beinni og þrívíddarmyndgreining á stórum sýnum, sem gerir hana mikið notaða í rannsóknum á fósturþroska, taugakerfum og myndgreiningu á heilum líffærum.

Ljósþynnu smásjármyndataka býr yfirleitt til gríðarstór gagnasöfn yfir langan tíma, sem gerir miklar kröfur til myndgreiningarbúnaðar. Myndavélar verða að skila miklum hraða, stórum sjónsviðssniðum og langtímastöðugleika. Ennfremur, til að viðhalda myndgæðum við lágt örvunarljós, þarf mikla næmni og lítið suð til að styðja við mikla afköst, langvarandi og kraftmiklar líffræðilegar athuganir.