Konfokalmikroskopi benytter punktskanning og en nålehullsåpning for effektivt å undertrykke lys som ikke er i fokus, og produserer optiske snittbilder med høy kontrast som kan rekonstrueres til tredimensjonale datasett. Det er et kraftig verktøy for avbildning av tykke vevsskiver og 3D-cellestrukturer, slik at forskere kan utforske romlige forhold og cellulære fordelinger.

Tradisjonelle punktskanningssystemer er imidlertid avhengige av fotomultiplikatorrør for fluorescensdeteksjon, noe som begrenser opptakshastigheten og evnen til å fange opp raske dynamiske hendelser. For å håndtere disse begrensningene ble konfokalmikroskopi med spinnende disk utviklet. Ved å bruke flere raskt skannende laserstråler og en roterende nålehullsskive, oppnår spinnende disksystemer høyhastighets optisk seksjonering samtidig som de detekterer fluorescens med kameraer som sCMOS eller EMCCD. Denne tilnærmingen muliggjør samtidig opptak av store synsfelt med minimal fototoksisitet, noe som gjør den spesielt egnet for levende celleavbildning og raske 3D-eksperimenter.